这里是将“超能力”认知为“一般科学”的反超自然学园都市。一名白衣修女从天而降，来到高中生上条当麻的房间。但那名修女装扮的少女却表示，她是从魔法的世界逃到这里来的。上条对这个自称是“禁书目录”的神秘少女的言行相当怀疑，然而真正的“魔法师”，却在两人眼前出现──！！